בעקבות תוכניות הבנייה העתידיות בהוד השרון הגובלת בנחל הירקון, זאת בתוספת מכון הטיהור הוד השרון כפר סבא, מזהיר מנהל רשות נחל הירקון ד"ר דוד פרגמנט, כי נחל הירקון נמצא בסכנת זיהום חריפה.
לדבריו, "תוכניות הבנייה, שאמורות להביא להכפלת האוכלוסייה עלולות להפוך לפצצת זמן לנחל הירקון אם לא יתבצעו פעולות להגדלת קיבולת מכוני טיהור המים ולשדרוג מערכות הביוב והניקוז".
"גם מכון הטיהור במתכונתו הנוכחית לא יוכל לעמוד בעומסי השפכים הכבדים הצפויים בשל האצת הבנייה והגידול המואץ באוכלוסייה. עלינו למנוע הזרמת מי שפכים לירקון. שנים ארוכות אנו פועלים לשיקומו וחבל שהכול יירד לטימיון".
ד"ר פרגמנט טוען עוד כי "המתקן לטיפול בשפכים בדרום השרון גרם לזיהום מתמשך בנחל הירקון. הוא לא היה יכול לטפל בתוספת השפכים. בשנים האחרונות התגלה שחלק לא מבוטל מהזיהום בנחל בא מתוך הערים הסובבות את הירקון עצמן. עד כמה תשתיות הניקוז בערים אינן יעילות לעתים רואים כמעט מדי שנה לאחר הגשם החזק הראשון; המים בנחל מכוסים בסחף, ודגים מתים צפים בצפיפות בשל זיהום".
